Pomimo wielu zalet, wpływ klimatyzacji na zdrowie może być negatywy. Badania pokazują, że ludzie pracujący w klimatyzowanych środowiskach mogą odczuwać migreny, przewlekłe bóle głowy oraz zmęczenie i rozdrażnienie. Mogą również doświadczać ciągłego podrażnienia i przekrwienia błony śluzowej nosa a także trudności w oddychaniu. To sprawia, że stają się bardziej podatni na przeziębienie, grypę i inne choroby. Te pozornie niezwiązane ze sobą objawy często nazywa się syndromem chorego budynku. WHO wśród objawów wymienia również dolegliwości alergiczne, takie jak zapalenie śluzówek, przewlekłe zapalenie krtani, oskrzeli, suchy kaszel. A także przesuszenie i łuszczenie skóry twarzy, rąk, uszu.
Z używaniem klimatyzacji wiążą się również inne, poważne schorzenia, na które ludzie zapadają w wyniku przebywania w zanieczyszczonym środowisku wewnętrznym. Pogłębiające się problemy z astmą i alergie to dwa najczęstsze problemy zdrowotne. Urządzenia klimatyzacyjne, nieodpowiednio konserwowane, mogą rozprzestrzeniać pyłki, zarodniki pleśni, grzyby, roztocza, bakterie i wirusy. Wiele osób nie zdaje sobie sprawy, że powietrze, które krąży w ich domach, jest dwukrotnie bardziej niebezpieczne niż powietrze na zewnątrz, ponieważ przenosi zarodniki pleśni. Gdy maszyna jest włączona, uwalnia te szkodliwe zanieczyszczenia do powietrza.
Przedłużająca się ekspozycja na klimatyzację może przyczynić się do pogorszenia astmy i rozwoju zakażeń płuc wynikających z tego stanu. W ostatnich latach częstość występowania astmy znacznie wzrosła w wielu krajach, astma stała się globalnym problemem zdrowia publicznego i problemów społecznych. Dane z badań pokazują, że główną przyczyną wzrostu zachorowalności na astmę i jej rozpowszechnienia może być zmiana środowiska wewnętrznego i alergenów unoszących się w powietrzu, zwłaszcza alergenów roztoczy kurzu. Roztocza, będące najczęstszymi alergenami wziewnymi w pomieszczeniach, mogą powodować ogólnoustrojowe choroby alergiczne, nie tylko astmę, ale również alergiczny nieżyt nosa, alergiczne zapalenie spojówek, wyprysk atopowy i pokrzywkę. Używając klimatyzatora po pewnym czasie, na filtrach osadza się wiele cząstek kurzu, drobnoustrojów, roztoczy i pleśni. Kiedy ludzie ponownie włączają klimatyzator, wyżej wymienione, szkodliwe substancje, przedostają się i rozprzestrzeniają się w sposób dynamiczny w powietrzu będącym wewnątrz pomieszczenia. W ostatnich latach poprzez upowszechnienie stosowania urządzeń takich jak klimatyzator i nawilżacz, środowisko życia stało się coraz bardziej zamknięte, co sprzyja wystąpieniu chorób alergicznych.