Jest charakterystycznym przypadkiem torbieli galaretowatej, która lokalizuje się w dole podkolanowym w miejscu kaletki brzuchato-półbłoniastej. U dorosłych ma ona związek ze zmianami zwyrodnieniowymi stawu, u dzieci przyczyny jej powstawania są niejasne.
Podobnie jak w ganglionach, torbiel Bakera ma tendencje do samoistnego ustępowania. Niekiedy może pęknąć w trakcie wysiłku fizycznego, co objawia się nagłym bólem i obrzękiem łydki. Ustępuje on w ciągu kilku lub kilkunastu dni.
Postępowanie w torbieli Bakera zasadniczo jest takie same, jak w przypadku ganglionu, czyli badanie USG i strategia obserwacyjna. Różnica polega na tym, że w przypadku torbieli Bakera u dzieci nakłucia i podawanie steroidów jest całkowicie nieskuteczne, a wznowy obserwuje się już po kilku dniach. Do leczenia operacyjnego kwalifikuje się pacjentów z bólami lub ograniczeniem zgięcia stawu kolanowego. Cechą charakterystyczną jest również spory odsetek nawrotów po leczeniu operacyjnym.